Posláním Juntendo University je usilovat o pokrok ve společnosti prostřednictvím vzdělávání, výzkumu a zdravotní péče. K uskutečnění této mise na základě japonského idiomu „Sanmu Syugi“ přijímá Juntendo University kohokoli bez ohledu na jeho pohlaví, národnost nebo akademické zázemí, který ztělesňuje univerzitní heslo „Jin - I exist as you exist“ a princip „Fudan Zenshin - Neustálý pohyb vpřed “.
Vytvořením prostředí, které se zaměřuje na to, jak lze v budoucnu Juntendo University pomáhá Juntendo University vysoce motivovaným jednotlivcům, kteří se starají o ostatní, stát se zdravotníky, kterým mohou pacienti věřit, vědcům schopným inovativních objevů a vynálezů a globálním občanům připraveným sloužit společnosti.