Uganda hostí nejstarší univerzitu ve východní a střední Africe, což je Makerere University. Tato univerzita byla centrem vynikající akademické kvality po několik desetiletí nejen pro studenty, Ugandy, ale také ostatní studenti v regionu. Uganda má více než 30 veřejných vysokých škol.

Master of Science je pokročilý studijní program, který lze získat asi za dva roky. Mnohé školy nabízejí on-line nebo na částečný úvazek magisterských programů tak, aby obsazeno studenti mohou prohloubit své vzdělání způsobem, který je pro ně výhodná.